Nel definire le funzioni del Procuratore della Repubblica, il D.Lgs 106/2006 sancisce di fatto un’organizzazione gerarchica degli uffici della Procura della Repubblica.  Al Procuratore, infatti, è affidato il potere ed il dovere di definire i principi di organizzazione dell’ufficio, di stabilire i gruppi di lavoro e di incaricare uno o più magistrati o procuratori nelle funzioni di gestione di specifici affari, anche attraverso il meccanismo della delega e con la garanzia di un margine di autonomia rispetto all’incarico affidato. I magistrati (ProcuratoreSostituti Procuratori) sono coadiuvati nell’esercizio dell’azione penale da magistrati Onorari (VPO) e si ispirano ai principi di autonomia e indipendenza sanciti dagli artt.. 101-104 della Costituzione italiana.

Oltre alla figura di vertice, l’organizzazione complessiva della Procura della Repubblica prevede due aree principali: un’area giudiziaria ed un’area amministrativa.